После окончания университета, по желанию студента, он может продолжить обучение в магистратуре.

Обучение в магистратуре осуществляется  по 10 специальностям. Обучение осуществляется на русском языке.

Иностранный гражданин, получивший высшее образование в Республике Беларусь, может продолжить обучение в магистратуре МГУП со сроком обучения 1 год (дневная форма), 1,5 года (заочная форма).

По специальностям "Инженерный бизнес" и "Производство и переработка полимеров и композитов" обучение осуществляется на английском языке.

Стоимость обучения в магистратуре определяется ежегодно в зависимости от числа студентов к началу учебного года.

При поступлении в магистратуру иностранные граждане проходят собеседование по специальности.

По окончании обучения выдается Диплом магистра международного образца.